Năm 1076, Nhà Lý cho xây dựng đại bản doanh và doanh trại tại xã Yên Phụ và phòng tuyến sông Như Nguyệt ở bờ Nam sông Như Nguyệt, tức sông Cầu ngày nay, trên địa bàn các xã Tam Giang, Đông Tiến, Yên Trung, Dũng Liệt, Tam Đa, Vạn An, Hòa Long. Nay vẫn còn nhiều di tích của phòng tuyến này được xếp hạng di tích lịch sử quốc gia.

Năm 1077, quân Tống sang xâm lược Đại Việt bị chặn đứng và sau đó bị đánh bại tại đây.

Trước Cách mạng tháng Tám năm 1945, các đơn vị hành chính trực thuộc huyện có hai cấp: Cấp tổng và cấp xã. Đây là các đơn vị hành chính huyện Yên Phong thời kì Gia Long (1802-1818) gồm 6 tổng, 71 xã, thôn, phường, trang, vạn, sở.

Từ tháng 8 năm 1945, dưới chính thể Việt Nam dân chủ cộng hòa, tiếp đó từ 1976, dưới chính thể Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam, đơn vị hành chính trung gian là cấp tổng đã được bãi bỏ, dưới thôn không còn là trang, vạn, sở.

Năm 1947, các xã Phấn Động, Đại Lâm, Thọ Đức hợp nhất thành xã Tam Đa. Tháng 3 năm 1947 hợp nhất 2 xã Phù Lương và Mộ Thượng thành xã Dũng Liệt.

Năm 1948, hợp nhất với xã Yên Diên và xã Hợp Tiến thành xã Hòa Bình.

Tháng 6 năm 1948, hợp nhất 2 xã Ngũ Phúc và Hiệp Hòa thành xã Phúc Hòa.

Tháng 8 tháng 1948, xã Đông Phong được thành lập trên cơ sở hợp nhất 2 xã Đông Yên và Phong Xá thành xã Đông Phong và hợp nhất 2 xã Đại Mẫn và Long Xá thành xã Long Châu.

Tháng 9 năm 1948, hợp nhất 3 xã Đông Lân, Đông Thái, Đông Xuyên thành xã Đông Tiến; hợp nhất 3 xã Thiểm Xuyên, Lạc Bằng, Đông Sơn thành xã Thụy Hoà; xã Tam Giang chính thức được thành lập; xã Trung Nghĩa chính thức được thành lập trên cơ sở hợp nhất của hai xã Đông Từ và xã Ngô Nội.

Năm 1949, Văn Môn hợp nhất với Đông Thọ thành lập xã Đông Môn.

Năm 1954, 2 xã Văn Môn và Đông Thọ được tách ra thành đơn vị hành chính độc lập, Đông Thọ trở về với tên cũ và Văn Môn trở về với tên gọi cũ.

Sau năm 1954, huyện Yên Phong có 18 xã: Đông Phong, Đông Tiến, Dũng Liệt, Hàm Sơn, Hòa Long, Hòa Tiến, Khúc Xuyên, Long Châu, Phong Khê, Phú Lâm, Tam Đa, Tam Giang, Thụy Hòa, Trung Nghĩa, Tương Giang, Vạn An, Yên Phụ, Yên Trung.

Tháng 10 năm 1956, xã Hoà Tiến được thành lập tách ra từ xã Yên Phụ lấy tên là xã Hòa Tiến.

Năm 1963, một số hộ dân ở huyện Lý Nhân (Hà Nam) lên khai hoang lập ấp ở địa phương lập ra thôn Đức Lý. Năm 1964, thôn Đức Lý thuộc xã Tam Đa. Năm 1963, chuyển 2 xã Phú Lâm, Tương Giang về huyện Tiên Sơn quản lý (nay xã Phú Lâm thuộc Tiên Du và Tương Giang thuộc Từ Sơn); cùng năm này 2 xã Văn Môn và Đông Thọ chuyển trở lại từ huyện Từ Sơn (nay là thị xã Từ Sơn) về huyện Yên Phong quản lý.

Năm 1971, đổi tên Hòa Bình thành xã Yên Phụ; xã Phúc Hòa đổi tên thành xã Yên Trung.

Ngày 9 tháng 1 năm 1998, Nghị định 89 của Thủ tướng Chính phủ thành lập thị trấn Chờ - thị trấn huyện lỵ Yên Phong, trên cơ sở toàn bộ xã Hàm Sơn.

Ngày 9 tháng 4 năm 2007, các xã Hòa Long, Vạn An, Khúc Xuyên, Phong Khê của huyện Yên Phong sáp nhập vào thành phố Bắc Ninh[2]. Huyện Yên Phong còn lại 1 thị trấn Chờ và 13 xã: Đông Phong, Đông Thọ, Đông Tiến, Dũng Liệt, Hòa Tiến, Long Châu, Tam Đa, Tam Giang, Thụy Hòa, Trung Nghĩa, Văn Môn, Yên Phụ, Yên Trung, giữ ổn định cho đến nay.